Окрасою експозиції в залах історії є археологічна колекція створена з речей, знайдених на подвір’ї фортеці і на замчищі в урочищі Раковець, що є недалеко від Меджибожа. Виставлено також пам’ятки трипільської культури, черняхівської культури, Київської Русі. В залах є вітрини присвячені Національно-визвольній війні під проводом Б.Хмельницького, 12-му Охтирському гусарському полку, евреям.
Гончарство представлене виробами місцевих майстрів О.Мороза, Г.Пилипчука, К.Бедрій, М.Грубальського, М.Островського, а також майстра народної творчості з с.Адамівка Вінковецького району О.Пиріжка і майстрині з цього ж села Ф.Дзюби. У відділі «Ковальства» виставлені вироби та інструменти коваля, є фрагмент кузні.
В залі «Народного ткацтва» можна побачити ткані вироби подолян і знаряддя ткацького виробництва, яке відоме з давніх часів. Тут і килими, і рушники та скатертини, рядна, сорочки з полотна, а також ткацький верстат, козелець, мотовило, терниця, прядка тощо.
В останньому залі представлені своєрідні художні твори – іконо малярство ХІХ – початку ХХ ст.: «Цар Слави», «Голгофа», «Воскресіння», «Пантелеймон-цілитель» та інші знаменитої київської школи іконопису Новицького.
На даний час наукова група заповідника працює над створенням експозицій у відреставрованих трьох залах північно-східного корпусу. У планах є відкрити зали нумізматики та боністики, народного одягу. Один із залів буде відведений для тимчасових виставок художників та народних майстрів Хмельниччини.
